כמו כל טיפול רפואי, גם לאחר טיפול בתא לחץ עשויות להופיע תופעות לוואי אבל הן קלות, נדירות מאוד, הפיכות ונעלמות מיד אחרי הטיפול בלי להשאיר נזק.
תופעת הלוואי השכיחה ביותר היא כאב אוזניים קל והיא נגרמת מחוסר היכולת להשוות לחצים באוזניים בזמן שהלחץ בתא מתחיל לעלות. לכן, עוד לפני שהטיפול מתחיל המטופלים מקבלים הדרכה שבמהלכה מסביר להם הצוות המקצועי מהן הטכניקות השונות להשוואת לחצים.
מעבר לכך, מטופלים שעוברים יותר משלושים טיפולים לעיתים מפתחים קוצר ראייה, שחולף מעצמו כמה שבועות אחרי הפסקת הטיפול בתא לחץ.
תופעת לוואי נוספת, נדירה מאוד, היא מצב שנקרא חזה אוויר – הרעלת חמצן מוחית המתבטאת בפרכוסים וחולפת לחלוטין ברגע שנפסק הטיפול. עם זאת, תאי לחץ מונופלייס (אישי) הם משוכללים ומתקדמים, ובנויים עם מכשיר לנשימת אוויר רפואי (Air Brake) כך שהתופעה כמעט לא קיימת.